Trường có tổ chức theo các khối đơn vị như sau [17]:

Khối giảng dạy

• Khoa Công nghệ thông tin
• Khoa Dược
• Khoa Điện - Điện tử
• Khoa Kế toán
• Khoa Khoa học thể thao
• Khoa Khoa học ứng dụng
• Khoa KHXH và Nhân văn
• Khoa Kỹ thuật công trình
• Khoa Lao động và Công đoàn
• Khoa Luật
• Khoa Môi trường và Bảo hộ lao động
• Khoa Mỹ thuật công nghiệp
• Khoa Ngoại ngữ
• Khoa Giáo dục quốc tế
• Khoa Quản trị kinh doanh
• Khoa Tài chính - Ngân hàng
• Khoa Toán - Thống kê
• Cơ sở Cà Mau
• Cơ sở Bảo Lộc
• Phân hiệu Nha Trang
• Trường TCCN Tôn Đức Thắng

Khối đào tạo, ứng dụng khoa học - kỹ thuật - công nghệ

• Viện Hợp tác, Nghiên cứu và Đào tạo quốc tế (INCRETI)
• Viện Khoa học tính toán (INCOS)
• Viện tiên tiến khoa học vật liệu (AIMaS)
• Trung tâm An toàn lao động và Công nghệ môi trường (COSENT)
• Trung tâm Bồi dưỡng văn hóa, tin học và ngoại ngữ (CIFLEET)
• Trung tâm Chuyên gia Hàn Quốc (KEC)
• Trung tâm Công nghệ thông tin ứng dụng (CAIT)
• Trung tâm Đào tạo phát triển xã hội (SDTC)
• Trung tâm Đào tạo và Phát triển các giải pháp Kinh tế (CATDES)
• Trung tâm Giáo dục quốc tế (CIS)
• Trung tâm Giáo dục Quốc phòng an ninh
• Trung tâm Hợp tác Châu Âu (ECC)
• Trung tâm Hợp tác doanh nghiệp và Cựu sinh viên (CECA)
• Trung tâm Nghiên cứu và Đào tạo kinh tế ứng dụng (CAER)
• Trung tâm Ngôn ngữ sáng tạo (CLC)
• Trung tâm Phát triển Khoa học quản lý và Công nghệ ứng dụng (ATEM)
• Trung tâm Tư vấn và Kiểm định xây dựng (TUL)
• Trung tâm Ứng dụng và Phát triển mỹ thuật công nghiệp (ADA)
• Trung tâm Việt Nam học và tiếng Việt cho người nước ngoài (VSLC)
• Công ty TNHH DVKT Tôn Đức Thắng
• Tạp chí Công nghệ tiên tiến và Tính toán (JAEC)
• Tạp chí Công nghệ thông tin và Viễn thông (JIT)
• Quỹ Phát triển khoa học công nghệ (Fostect)

Khối quản lý, hành chính, phục vụ

• Phòng Công tác học sinh - sinh viên
• Phòng Đại học
• Phòng Sau đại học
• Phòng Điện toán - Máy tính
• Phòng Quản lý phát triển khoa học công nghệ
• Phòng Khảo thí và Kiểm định chất lượng
• Phòng Quản trị thiết bị
• Phòng Tài chính
• Phòng Tổ chức hành chính
• Phòng Thanh tra, Pháp chế và An ninh
• Ban Quản trị Ký túc xá
• Ban Truyền thông và quan hệ công chúng
• Thư viện